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生态恢复的方法有物种框架方法和最大多样性方法。
物种框架方法
是指建立一个或一群物种，作为恢复生态系统的基本框架。这些物种通常是植物群落中的演替早期阶段(或称先锋)物种或演替中期阶段物种。这个方法的优点是只涉及一个(或少数几个)物种的种植，生态系统的演替和维持依赖于当地的种源(或称“基因池”)来增加物种和生命，并实现生物多样性。因此这种方法最好是在距离现存天然生态系统不远的地方使用，例如保护区的局部退化地区恢复，或在现存天然斑块之间建立联系和通道时采用。
应用物种框架方法的物种选择标准：
抗逆性强：这些物种能够适应退化环境的恶劣条件。
能够吸引野生动物：这些物种的叶、花或种子能够吸引多种无脊椎动物(传粉者、分解者)和脊椎动物(消费者、传播者)。
再生能力强：这些物种具有“强大”的繁殖能力，能够帮助生态系统通过动物(特别是鸟类)的传播，扩展到更大的区域。
能够提供快速和稳定的野生动物食物：这些物种能够在生长早期(2-5年)为野生动物提供花或果实作为食物，而且这种食物资源是比较稳定的和经常性的。
最大多样性方法
是尽可能地按照该生态系统退化以前的物种组成及多样性水平种植物种进行恢复，需要大量种植演替成熟阶段的物种，先锋物种被忽略。这种方法适合于小区域高强度人工管理的地区，例如城市地区和农业区的人口聚集区。这种方法要求高强度的人工管理和维护，因为很多演替成熟阶段的物种生长慢，而且经常需要补植大量植物，因此需要的人工比较多。
采用最大多样性方法，一般生长快的物种会形成树冠层，生长慢的耐荫物种则会等待树冠层出现缺口，有大量光线透射时，迅速生长达到树冠层。
因此可以配种10%左右的先锋树种，这些树种会很快生长，为怕光直射的物种遮挡过强的阳光，等到成熟阶段的物种开始成长，需要阳光的时候，选择性地砍掉一些先锋树，砍掉的这些树需要保留在原地，为地表提供另一种覆盖。留出来的空间，下层的树木会很快补充上去，过大的空地还可以补种一些成熟阶段的物种。
最大多样性方法是尽可能地按照该生态系统退化以前的物种组成及多样性水平种植多样物种进行恢复。
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