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按照《国家税务总局关于企业合并分立业务有关所得税问题的通知》(国税发2000119号)文件规定，企业合并的所得税处理中，合并企业支付给被合并企业的非股权支付额不超过股权账面价值20%的，经税务部门批准，可以作为免税合并处理，即被合并企业不确认全部资产的转让所得或损失，不计算缴纳所得税。 而且被合并企业以前年度的亏损，如果未超过法定弥补期限，可由合并企业继续按规定用以后年度实现的与被合并企业资产相关的所得弥补。免税免的是所得税。
(1)应税合并
被合并企业：按照公允价值转让和处置资产，并缴纳所得税
合并企业：接受被合并企业的资产，计税基础为公允价值
同一控制会计处理：按账面价值核算，产生递延所得税
非同一控制会计处理：按公允价值核算，不产生递延所得税
(2)免税合并
合并企业：接受被合并企业的资产，计税基础为原账面价值
被合并企业：不缴纳所得税
同一控制会计处理：按账面价值核算，不产生递延所得税
非同一控制会计处理：按公允价值核算，产生递延所得税
如果是应税合并的话，非同一控制下的企业合并中，计税基础和账面价值=公允价值，不存在暂时性差异，不产生递延所得税。
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