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实质性分析程序的运用包括以下几个步骤：(记忆)
(1)识别需要运用分析程序的账户余额或交易;(2)确定期望值;(3)确定可接受的差异额;(4)识别需要进一步调查的差异;(5)调查异常数据关系;(6)评估分析程序的结果。
在使用时要考虑一些因素的影响：
2.确定实质性分析程序对特定认定的适用性。
3.数据的可靠性。
4.做出预期的准确程度。
5.已记录金额与预期值之间可接受的差异额。
2.确定实质性分析程序对特定认定的适用性。并非所有认定都适合使用实质性分析程序。研究不同财务数据之间以及财务数据与非财务数据之间的内在关系是运用分析程序的基础，如果数据之间不存在稳定的可预期关系，注册会计师将无法运用实质性分析程序，而只能考虑利用检查、函证等其他审计程序收集充分、适当的审计证据，作为发表审计意见的合理基础。
在信赖实质性分析程序的结果时，注册会计师应当考虑实质性分析程序存在的风险，即分析程序的结果显示数据之间存在预期关系而实际上却存在重大错报。
在确定实质性分析程序对特定认定的适用性时，注册会计师应当考虑下列因素：
(1)评估的重大错报风险。鉴于实质性分析程序能够提供的精确度受到种种限制，评估的重大错报风险水平越高，注册会计师应当越谨慎使用实质性分析程序。
如果针对特别风险仅实施实质性程序，注册会计师应当使用细节测试，或将细节测试和实质性分析程序结合使用，以获取充分、适当的审计证据。
(2)针对同一认定的细节测试。在对同一认定实施细节测试的同时，实施实质性分析程序可能是适当的。
3.数据的可靠性。注册会计师对已记录的金额或比率做出预期时，需要采用内部或外部的数据。
数据的可靠性受其来源及性质的影响，并有赖于获取该数据的环境。在确定实质性分析程序使用的数据是否可靠时，注册会计师应当考虑下列因素：
(1)可获得信息的来源。数据来源的客观性或独立性越强，所获取数据的可靠性将越高;来源不同的数据相互印证时比单一来源的数据更可靠。
(2)可获得信息的可比性。实施分析程序使用的相关数据必须具有可比性。通常，被审计单位所处行业的数据与被审计单位的相关数据具有一定的可比性。但应当注意，对于生产和销售专门产品的被审计单位，注册会计师应考虑获取广泛的相关行业数据，以增强信息的可比性，进而提高数据的可靠性。
(3)可获得信息的性质和相关性。可获得的信息与审计目标越相关，数据就越可靠。
(4)与信息相关的控制。相关的控制越有效，信息越可靠。
如果注册会计师通过测试获知与信息编制相关的控制运行有效，或信息在本期或前期经过审计，该信息的可靠性将更高。
