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注册会计师考试因专业阶段考试科目很多，专业性较强，所以整体考试难度较大。历年注册会计师专业阶段考试通过率在22%左右，综合阶段考试的通过率相对较高一些，在72%左右。
注会考试科目难度排序由高到低依次为：《会计》>《审计》>《财务成本管理》＞《税法》＞《经济法》＞《公司战略与风险管理》。其中，《会计》是注会考试的基础与核心学科，也是比较难的科目；《财务成本管理》教材上的公式多，考试计算量大；近些年的注会通过率数据显示，《税法》这门科目的难度已经赶超学习理解比较难的《审计》科目了；《公司战略与风险管理》、《经济法》、《职业能力综合测试(试卷一、试卷二)》这三门不涉及计算，记忆性内容多，需要考生多背诵，做题做详细地文字阐述，考试难度相对较小。
由于每个考生情况不同，这个难度排序并不是绝对的。建议报考科目多的考生，先从会计、审计和财管入手学习，难度大的科目备考起来耗费时间较多，搭配着简单的科目一起学习也能够有助于思路转换。
综合阶段考试会对参考人员的职业能力和实务经验有比较高的标准，这些科目对于零基础或是专业阶段偏科的考生来说是相对较难的，不过注会综合阶段的及格率要比专业阶段超出许多。因而要通过了专业阶段的考试，只须考生认真备考，通过的几率还是很大的。
综合阶段试卷一以鉴证业务为重点，侧重对会计、审计和税法的考查；试卷二以管理咨询和业务分析为重点，侧重对财管、战略和经济法的考核。