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注册会计师考试是一项专业性很强的考试，因此整体考试难度较大，历年通过率在22%左右。其中，专业阶段考试的通过率相对较低，约为22%，而综合阶段考试的通过率相对较高，约为72%。
在专业阶段考试中，共有《会计》、《审计》、《财务成本管理》、《公司战略与风险管理》、《经济法》、《税法》6个科目。各科目考试难度不同，根据考生经验总结，排名由高到低依次为：《会计》>《审计》>《财务成本管理》＞《税法》＞《经济法》＞《公司战略与风险管理》。
《会计》是注会考试的基础和核心学科，所以也是最难的科目之一；《财务成本管理》中的公式较多，考试计算量大；《税法》的难度近年来已经超越了《审计》科目。而《公司战略与风险管理》、《经济法》、《职业能力综合测试(试卷一、试卷二)》这三门科目不涉及计算，需要考生多背诵，考试难度相对较小。
综合阶段考试对参考人员的职业能力和实务经验有比较高的要求，这些科目对于零基础或是专业阶段偏科的考生来说是相对较难的。不过，通过专业阶段的考试后，认真备考仍然有很大的通过几率。综合阶段试卷一以鉴证业务为重点，侧重对会计、审计和税法的考查；试卷二以管理咨询和业务分析为重点，侧重对财管、战略和经济法的考核。