本题考查的是按导致事故的直接原因进行分类。
依据《生产过程危险和有害因素分类与代码》(GB/T 13861)进行分类：
1. 选项A：`操作人员长时间连续作业导致生理疲劳`属于`人的因素`中的`心理、生理性危险和有害因素`（负荷超限）。
2. 选项B：`数控机床的安全联锁防护装置故障`属于`物的因素`中的`物理性危险和有害因素`（防护装置缺陷），符合题意。
3. 选项C：`车间通道堆放杂物导致通行宽度不足`属于`环境因素`中的`室内作业场所环境不良`（作业场地狭窄或杂乱）。
4. 选项D：`特种设备作业人员未持证上岗`属于`管理因素`中的`职业安全卫生管理制度不完善或未落实`（或人员配备不健全）。
因此，正确答案是选项B。