本题考查《生产过程危险和有害因素分类与代码》(GB/T 13861)中关于物的因素的分类。
依据GB/T 13861标准：
1. 选项A`易燃易爆性物质`属于物的因素中的`化学性危险和有害因素`。
2. 选项B`致病微生物`属于物的因素中的`生物性危险和有害因素`。
3. 选项C`防护缺陷`属于物的因素中的`物理性危险和有害因素`。物理性危险和有害因素还包括设备设施缺陷、电伤害、噪声、振动、辐射等。
4. 选项D`指挥错误`属于人的因素中的`行为性危险和有害因素`。
因此，正确答案为选项C。