本题考查的是《生产过程危险和有害因素分类与代码》(GB/T 13861)中关于危险和有害因素的分类。
A选项“现场指挥失误”属于人的因素中的行为性危险和有害因素；
B选项“乙炔气体”属于物的因素中的化学性危险和有害因素；
C选项“施工机具防护罩缺失”属于物的因素中的物理性危险和有害因素（具体为防护缺陷）；
D选项“致病微生物”属于物的因素中的生物性危险和有害因素。
因此，正确答案为C。