本题考查博德现代因果连锁理论中事故致因的层次关系。博德现代因果连锁理论将事故原因分为三个层次:根本原因是管理缺陷,间接原因包括个人因素和工作条件因素,直接原因是人的不安全行为或物的不安全状态。选项C`企业安全管理存在缺陷`属于根本原因,是导致其他原因存在的源头。选项A`作业人员的不安全行为`和选项B`施工设备存在安全隐患`均属于事故的直接原因,是表面现象而非根本原因。选项D`作业环境条件不良`属于工作条件方面的间接原因。只有从根本上解决管理缺陷问题,才能有效控制间接原因和直接原因,从而预防事故发生。因此正确答案为选项C。