体内的生理性抗凝物质可分为丝氨酸蛋白酶抑制物、蛋白质C系统和组织因子途径抑制物三类。丝氨酸蛋白酶抑制物中最重要的是抗凝血酶Ⅲ，它由肝脏和血管内皮细胞产生，通过与凝血酶和凝血因子FⅨa、FⅩa、FⅪa、FⅫa等分子活性中心的丝氨酸残基结合而抑制酶的活性。抗凝血酶Ⅲ与肝素结合后，其抗凝作用可增强2000倍。肝素是一种酸性粘多糖，主要有肥大细胞和嗜碱性粒细胞产生，在肺、心、肝、肌肉等组织中含量丰富，生理情况下血浆中含量甚微。肝素主要通过增强抗凝血酶Ⅲ的活性间接发挥抗凝作用，还可刺激血管内皮细胞释放TFPI而抑制凝血过程。蛋白酶C由肝脏产生，其合成需要维生素K的参与，合成后以酶原形式存在于血浆中。活化后的蛋白酶C可水解灭活凝血因子Ⅴa和Ⅷa，抑制因子Ⅹa和凝血酶的激活，并促进纤维蛋白的溶解。组织因子途径抑制物（TFPT）是一种糖蛋白，主要由血管内皮细胞产生，是外源性凝血途径的特异性抑制剂。