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毛细管电泳和高效液相色谱同是液相分离技术并且可以互为补充，但无论从效率、速度、样品用量和成本来说，毛细管电泳都显示了一定的优势，具有一定的特点。
1.电泳柱效更高，可达105m-1～106m-1;分离速度更快，在几十秒至几十分钟内即可完成一个试样的分析。
2.溶剂和试样消耗极少，试样用量仅为纳升级。
3.没有高压泵输液，因此仪器成本更低。
4.通过改变操作模式和缓冲溶液的成分，毛细管电泳有很大的选择性，可以对性质不同的各种分离对象进行有效的分离。
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