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活性炭是一种强吸附剂，对气体的吸附力及吸附量都很大。气体分子占据了活性炭的吸附表面，因而造成所谓活性炭“中毒”，使其活力降低。同时，又有一些气体可引起某些副反应，如氧气可引起层析物质的氧化。为了防止该副反应的发生，最简单方便的方法就是加热烘干，可将吸附的绝大多数气体除去。一般在使用前，将活性炭在120℃加热干燥4～5小时即可。锦纶活性炭因锦纶受热温度高要变形，在100℃干燥4～5小时即可。
另外，活性炭在生产过程中曾加入氯化锌活化，生产原料木屑内也含有各种金属离子，它们对层析带来很多麻烦。特别是重金属离子，其本身具有很高的毒性，而且吸附在活性炭表面上，具有强的催化作用，致使层析物质产生某些催化反应，因此必须将其除去。医药用、化学纯活性炭在出厂前对所含杂质及重金属均经检查，符合规定要求。锦纶活性炭在制备过程中也经过大量酸洗、水洗，勿需特别处理即可应用。但是，工业用活性炭在用前必须进行严格处理，一般处理方法有二：
一、将工业用活性炭置于烧瓶中，加入2～3M盐酸，水浴加热半小时，在加热过程中，间歇地振摇。然后减压滤干，如此以酸处理2至3次，再以热蒸馏水洗涤至pH5-6，滤干，烘箱中150℃干燥8小时，置于瓶中，密塞备用。
二、将工业用活性炭置于三角瓶中，加20%醋酸水溶液，煮沸5～10分钟，减压滤干，以除去含氮杂质及部分金属离子。如此处理2至3次，再以热蒸馏水洗至pH5-6，滤干。将其悬浮于水中，每100g活性炭中加入氰化钾50mg(预防重金属离子的催化作用)，直火加热，在60℃保持10分钟，趁热过滤，以热蒸馏水洗至pH6～7，烘箱中100℃干燥至恒重，于瓶中密塞备用。
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