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选择生物安全柜前应考虑：①危险药物的类型;②可利用空间的大小;③国家有关标准的规定;④环保部门关于有毒物质排放的要求;⑤通风设备的级别等指标。
生物安全柜应由专门人员安装，安装后应及时验证其可靠性，以后若有移动或修改也应验证;即使是在正常使用状态，也应每隔半年验证一次。
生物安全柜应定期进行消毒、清洗。在进行消毒、清洗操作时，操作者应穿前面封闭的防护衣，戴双层手套(内层为外科乳胶手套，外层为厚胶皮手套)，戴护目镜、口罩。先用洗涤剂从上至下，从污染小到污染大的区域逐步清洗，再用去离子水或蒸馏水漂洗干净，漂洗时纱布应经常更换。污染严重的区域(排污槽)应至少用洗涤剂清洗两遍，收集洗涤、漂洗用水的收集管与排污管的连接处用纱布包裹严实，防止污物溅出及含有悬浮粒子的气体溢出，洗涤剂瓶及漂洗容器一般在操作中污染，所以应始终放在生物安全柜中。清洗之后，所有瓶子、保护性装置(防护衣、手套、眼罩、口罩)均应当作污染物丢到密封的废物袋中。
生物安全柜应24小时持续开风机。危险药物的悬浮颗粒和喷溅物通常沉积在工作区中很难吸入高效滤器中，并且生物安全柜的工作区通常为负压，一旦关掉风机，这些危险物便会污染环境。关掉风机前，必须彻底清洗生物安全柜，然后将其入口及高效滤器的排气口用塑料覆盖后用胶带封住。