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细菌变成L型后与其原菌株不同，故临床治疗用药时，不仅要考虑细菌的药敏，也要考虑L型的药敏。一般认为细菌变为L型后已经失去了细胞壁，而β-内酰胺抗生素(青霉素类抗生素)的作用主要是抑制肽聚糖的合成，所以对细菌L型不起作用，而对作用于核酸与蛋白质合成的药物如红霉素、氯霉素敏感。虽然临床分离出的细菌L型有不同程度的细胞壁缺陷，且常不稳定，但从许多病例分离出的细菌L型对作用于细胞壁的先锋霉素仍显敏感。先锋霉素虽也属β-内酰胺类抗生素，但它对β-内酰胺酶的作用稳定，而且先锋霉素也能作用于微生物的细胞膜，故临床选用先锋霉素大多有效。
临床病例中分离到的细菌型和L型对药物敏感性不同，因此在临床治疗时应同时考虑二者的药物敏感情况，采取联合用药方案，主张应根据所分离到的细菌及L型的药物敏感试验结果来决定用药，主张作用于细胞壁和细胞质的抗生素联合应用，以达到杀菌并阻止其变成细菌L型。
稳定的细菌L型可长期潜伏在机体内，使机体产生特异性抗体，使患者形成慢性病灶，反复发作，如肾炎、风湿性关节炎等。细菌L型能通过胎盘垂直感染胎儿，细菌L型的原生质体同中等大小的病毒相似。细菌L型的致病性，不仅返祖后具存，某些L型细菌本身也能致病。L型细菌可能是某些传染病(如鼠疫、结核病和霍乱等)病原体的一种保存形式，在临床活动中该菌也是一类值得注意的耐药性微生物。