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布氏嗜碘阿米巴以包囊期具有特殊的糖源泡而得属名。虫体稍大于微小内蜒阿米巴，滋养体6～25μm(平均在12μm上下)，伪足宽大，不吞噬红细胞，可见1～2个糖原泡。经铁素木素染色后核明显，其特征为中央有粗大的核仁，外围为一层染色较浅的微粒所包绕。核染色质粒纤细，常在核膜与核仁之间形成圈围。包囊呈不规则的卵圆形，直径6～16μm(平均约10μm)，但多变异。突出的特点是含有圆形或卵圆形边缘清晰的糖原泡，常把核推向一边。
核一般仅一个，核内染色质粒常聚集于核仁一侧呈新月状。碘染标本中，糖原泡呈现棕色团块，而在未染色或铁素木素染标本则为泡状空隙。特殊的糖原泡和核构造是鉴定本虫的主要依据。