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干扰素不能直接灭活病毒，而是通过诱导细胞合成抗病毒蛋白（AVP）发挥效应。干扰素首先作用于细胞的干扰素受体，经信号转导等一系列生化过程，激活细胞基因表达多种抗病毒蛋白，实现对病毒的抑制作用。抗病毒蛋白主要包括2′-5′A合成酶和蛋白激酶等。前者降解病毒mRNA、后者抑制病毒多肽链的合成，使病毒复制终止。
干扰素的作用特点：
①种属特异性
一般在同种细胞中活性高，对异种细胞无活性。
②间接性
通过诱导细胞产生抗病毒蛋白等效应分子抑制病毒。
③发挥作用迅速
干扰素既能中断受染细胞的病毒感染又能限制病毒扩散。在感染的起始阶段，体液免疫和细胞免疫发生作用之前，干扰素发挥重要作用。
④广谱性
抗病毒蛋白是一类酶类，作用无特异性。对多数病毒均有一定抑制作用。