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除诱变剂种类和材料的遗传类型和生理状态外，还有：处理浓度和处理时间
高浓度处理，生理损伤大;低温、低浓度、长时间处理，M1存活率高，突变率也高。
对种皮渗透性差的种子，应适当延长处理时间。
温度
温度影响诱变剂的水解速度。低温有利于保持化学物质的稳定性。增高温度，可促进诱变剂在材料内的反应速度和作用能力。
适宜处理方式：低温(0-10℃)下，在诱变剂中将种子浸泡足够长时间，使诱变剂进入胚细胞中，然后将种子转移到新鲜诱变剂溶液内，在40℃下处理，加快诱变反应速度。
溶液PH值及缓冲液使用
一些诱变剂在不同的PH下分解产物不同，从而产生不同诱变效应。处理前、处理中都应校正溶液PH值。
使用一定PH的磷酸缓冲液，可提高诱变剂在溶液中的稳定性。浓度不应超过0.1mol/L。
安全问题
大多化学诱变剂有较强毒性或易燃易爆。
如烷化剂大多致癌;氮芥类会造成皮肤溃烂;乙烯亚胺有腐蚀作用，且易燃;亚硝基甲基脲，易爆炸。
所以操作过程中要小心。最后妥善处理残液，以避免污染环境。