本题考察的是发明专利申请文件的构成。

发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求的内容为准，说明书及附图可以用于解释权利要求的内容。权利要求书是专利申请审查的核心。权利要求书本身应当撰写清楚。权利要求书要求保护的方案应当与说明书中公开的发明创造相匹配。

权利要求书要求保护的方案还需要满足专利授权的条件。

A错误：发明或者实用新型专利权的保护范围以其权利要求书的内容为准。

B错误：说明书及附图可以用于解释权利要求的内容，不是以权利要求书为依据。

C错误：在专利制度产生初期，专利文件中只有说明书，没有权利要求书。

D正确：权利要求书是专利申请审查的核心。权利要求书本身应当撰写清楚。权利要求书要求保护的方案应当与说明书中公开的发明创造相匹配。权利要求书要求保护的方案还需要满足专利授权的条件。

故本题正确答案为D。