下列关于商标申请的实质审查的说法，正确的是（）。
实质审查是国家知识产权局对商标注册申请的实质要件的合法性进行审查
实质审查包括对绝对理由和相对理由的审查
实质审查分为对绝对理由和相对理由的两个阶段
实质审查后认为符合法规规定的，作出驳回决定或部分驳回决定
实质审查是国家知识产权局对商标注册申请的形式要件的合法性进行审查的行为
本题考察的是商标注册申请的审查。
实质审查是国家知识产权局对商标注册申请的实质要件的合法性进行审查，故A正确，E错误；
包括对绝对理由和相对理由的审查两个方面，不是两个阶段，故B正确，C表述错误；不符合法律规定的，可做出驳回决定或部分驳回决定，故D错误。
故本题正确答案为AB。