本题考察的是专利权的限制。

国有企业、事业单位的发明专利，对国家利益或者公共利益具有重大意义的，国务院有关主管部门和省、自治区、直辖市人民政府报经国务院批准，可以决定在批准的范围内推广应用，故不是所有的专利，而是发明专利可进行指定许可使用。A选项错误。

可指定许可使用专利的专利权人包括国有企事业单位，不包括集体所有制企业及个人，B选项错误。
允许实施的单位须向专利权人支付使用费，C选项错误。
指定许可须由国务院有关主管部门和省、自治区、直辖市人民政府报经国务院批准。D选项正确。

故本题正确答案为D。