【内容考查】本题考查建设工程的基本分类标准，特别是按自然属性进行的分类方法。
【选项分析】选项A正确，根据《建设工程分类标准》(GB/T 50841—2013)明确规定，建设工程按自然属性可分为建筑工程、土木工程和机电工程三大类，这是最基础的分类方式。选项B错误，民用建筑工程、工业建筑工程和构筑物工程是建筑工程按使用性质的细分，不是按自然属性的顶层分类。选项C错误，地基与基础工程、主体结构工程和屋面工程是建筑工程按组成结构的划分方式。选项D错误，道路工程、轨道交通工程和桥涵工程属于土木工程的具体分类，不是建设工程的顶层分类。