工程建设指挥部一般是在工程开工前正式组建，人员由投资项目主管部门从本行业、本地区所辖单位抽调专门人员组成。对一些投资规模大、协作关系复杂的大型项目，在工程建设指挥部之上还要成立由中央部门和地方主要领导组成的工程建设领导小组。少数特大型项目，还须由国务院组织各有关部门、地方主要领导共同组成高层次工程建设领导小组。在指挥部内部，一般要设立若干职能处（室），有的还设立二级指挥部。