工程建设指挥部这种依靠行政手段管理经济活动的模式存在以下不足：
（1）缺乏明确的经济责任制。工程建设指挥部不是一个独立的经济实体，政府对工程建设指挥部没有严格、科学的经济约束。工程建设指挥部拥有投资建设管理权，却对投资的使用和回收不承担任何责任。工程建设指挥部作为管理决策者，不承担决策带来的风险。工程建成后指挥部即撤销，建设单位经济责任制无法落实。
（2）不利于专业人才培养。工程建设指挥部是一个临时机构，不是一个专业化、社会化管理机构，难以培养工程建设管理专业化人才，导致工程建设管理总在低水平徘徊，投资效益也难以提高。
（3）忽视管理的规划和决策职能。工程建设指挥部负责制模式过于强调管理的指挥职能，而忽视了管理的规划和决策职能。它基本上采用行政管理手段，甚至采用军事化作战方式来管理工程建设，而未能充分利用经济方式和手段。工程建设指挥部只负责工程建设实施，并不负责投资项目的规划和决策。工程建设指挥部负责制模式在常规工程建设中逐步为项目法人责任制及其他管理模式所替代。