（1）贷款主体不同。个人住房公积金贷款主体是住房公积金管理机构。职工申请个人住房公积金贷款的，需要向住房公积金管理机构提出贷款申请，再由住房公积金管理机构委托受托银行发放个人住房公积金贷款。商业性个人住房贷款主体是各商业银行，借款人需直接向借贷的商业银行提出贷款申请，由银行对借款人的条件进行审核。

（2）贷款对象不同。商业性个人住房贷款的对象是经资信考察合格，具有还款能力的自然人。个人住房公积金贷款的对象除具备商业性个人住房贷款所要求的条件外，还必须是正常足额缴存公积金满一定年限的在职职工，或者是已缴存住房公积金的单位离退休职工。

（3）贷款资金来源不同。商业性个人住房贷款的资金来源是各商业银行的自营资金（居民或单位存款）。个人住房公积金贷款的资金来源是职工个人及其所在单位缴存的住房公积金。

（4）贷款利率不同。个人住房公积金贷款实行低存低贷原则。职工和单位缴存和申请住房公积金贷款时，实行低利率，其存贷利率比普通商业银行存贷利率低。

（5）贷款风险承担主体不同。商业性个人住房贷款风险由发放贷款的商业银行承担，个人住房公积金贷款风险由发放贷款的住房公积金管理机构承担。