工程代建制与项目法人责任制的区别主要体现在以下四个方面。①管理责任范围不同。实施工程代建制的项目，代建单位的责任范围只在工程建设实施阶段。②建设资金责任不同。实施工程代建制的项目，代建单位不负责建设资金筹措，因此也不负责偿还贷款。③保值增值责任不同。实施工程代建制的项目，代建单位只负责工程建设期间资金的使用，在批准的投资范围内保证工程建设实现预期功能，使政府投资效益最大化，不负责工程建成后运营期间的资产保值增值。④适用的工程对象不同。项目法人责任制适用于政府投资的经营性项目，而工程代建制适用于政府投资的非经营性项目。所以选项C是正确答案。