本题考查工程项目管理基本的组织结构形式。

职能式组织——除直线主管外，在各管理层还设置职能部门，分担某些职能管理业务。职能部门有权在其业务范围内，向下级下达命令和指示。因此，下级直线主管除接受上级直线主管领导外，还必须接受上级各职能部门的领导和指示。

优点：强调管理业务的专门化，能够发挥职能部门专业管理作用，减轻上层主管人员负担。ABC选项均属于优点

缺点：形成多头领导，妨碍了组织必要的集中领导和统一指挥，使下级执行者接受多方指令。如果上级指令相互矛盾,将使下级无所适从。D选项错误。

故本题选D。