本题考查工程施工合同的主要内容。

A.合同协议书主要内容包括:工程概况,勘察范围和阶段,技术要求及工作量、合同工期,质量标准、合同价款、合同文件构成.承诺、词语定义.签订时间、签订地点、合同生效和合同份数等内容。与题意不符。

B.通用合同条款包括：一般约定、发包入、勘察人、工期、成果资料、后期 服务、合同价款与支付、变更与调整、知识产权、不可，坑力、合同生效与终止、合同解除、责任与 保险、违约、索赔、争议解决及补充条款等共计17条。与题意不符。

C.专用合同条款是对通用合同条款细化、完善、补充、修改或另行约定的条款。符合题意。

D. 合同特殊条款是对合同一般条款的补充。与题意不符。

故本题选择C项。