本题考查土地增值税的计税依据。

扣除项目及其金额：

（1）取得土地使用权所支付的金额（地价款和按国家规定缴纳的有关费用）因此D选项正确；

（2）开发土地和新建房及配套设施的成本（土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费，公共配套设施费、开发间接费用）

（3）开发土地和新建房及配套设施的费用（销售费用、管理费用和财务费用）C选项说“当期发生的全部”说法错误；

（4）旧房及建筑物的评估价格。因此B选项正确；

（5）与转让房地产有关的税金（城市维护建设税、印花税、教育费附加）因此A选项正确。

（6）对从事房地产开发的纳税人可按上述（1）、（2）项规定计算的金额之和，加计20%的扣除。

 故此题正确答案为C。