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缺乏有效的新技术推广交流平台，各类建筑性能分析相关规范分散在各个专业设计过程中，无总体控制手段和具体实施办法;
一、工程勘察方面
BIM技术在工程勘察的应用中存在较为棘手的问题有：
如何将上部结构建模与地下工程地质信息充分结合，实现不同专业基于BIM的协作;
如何开发或利用现有的BIM软件技术，解决目前软件对地质体建模与可视化分析的针对性不强的问题，增强工程勘察结果在项目全生命周期中的展现力;
如何完善地质空间的建模理论与技术方法，以解决空间地质状况复杂性和不确定性带来的困难，满足工程施工与研究的专业功能需要。
二、管线综合方面
目前，国外将BIM技术应用到管线综合领域已到达相当深度，国内也有很多成功案例，但是从其实践经验来看，仍面临一定的困难：
勘察设计阶段管线综合仅仅考虑碰撞检测结果，未能充分结合施工阶段的需求，导致某些BIM管线综合成果无法指导施工;
BIM软件强大的参数设计功能，导致软件操作相对复杂，对设计人员的知识要求比较高，而且会导致计算机系统运行缓慢，因而对计算机配置提出了很高要求;
基于BIM的Revit MEP等软件的软件功能本土化不足，某些设计参数不符合我国内设计规范，如MEP软件内的一些族(管线设备)的尺寸与国内标准尺寸不符。
三、性能化分析方面
我国的绿色建筑还处于发展阶段，BIM应用存在诸多问题：
缺乏有效的新技术推广交流平台，各类建筑性能分析相关规范分散在各个专业设计过程中，无总体控制手段和具体实施办法;
建筑设计师专业技能欠缺，缺乏可持续的设计观，建筑设计和定量分析计算严重脱节，方案设计阶段的性能分析结果无法直接指导设计;
BIM技术在使用过程中存在着诸如软件本土化程度欠缺等问题，很多国内的建筑规范标准没有进入模型的信息中，使BIM没有完全发挥其应有的能力;
模型间不能相互读取、相互使用，存在大量重复建模的工作;
现有的BIM软件难以满足某些特殊专业功能需求，而且软件本身过于复杂、难以有效推广使用。
这些问题都成为阻碍绿色BIM发展的重要原因。
四、工程量统计方面
对于工程量统计人员，面临着算量软件门槛过高的问题，并需要从传统算量软件思想转变到基于BIM的工程量统计;
BM软件对建筑构件及其属性定义标准不统一，定义的范围未能覆盖包括附属构件在内的绝大部分构件，导致输出算量结果无法到达预期;
工程量建模标准不统一，国外软件与国内工程量计算规则不一致;
大部分算量软件无法准确计算一些复杂造型的构件，对一些特殊问题未能实现高效精确的求解;
许多算量计算结果不能体现“过程控制”的理念，输出的报衣数据从庞大，难以与手工计算报表进行核对;
工程量统计人员与设计人员信息不对称，存在一记觅从分动，效率低，需要打破全过程算量信息孤岛。
五、协同设计方面
基于BIM技术的协同设计与传统的设计方式相比，拥有很多的优势，但在国内的应用却并不广泛，究其原因，有以下几点：
BIM技术难度大，需要进行长时间的培训，且设计人员熟练理解BIM理念并掌握BIM相关软件的应用需要大量的资金与时间成本，这些都阻碍了BIM技术在国内的推广;
风险程度高，我国的建筑设计普遍存在着设计时间短、施工周期紧张的问题，初期运用BIM技术的协同设计势必会存在技术障碍，可能导致无法按时高质量完成设计任务，失去市场份额;
激励机制不到位，目前很多城市公开招标的工程项目仍然要求设计单位以AutoCAD制作的2D图纸上交设计成果，政府部门、行业单位、业主等缺乏相应的机制鼓励多使用技术进行协同设计。