注册会计师在财务报表审计中只需要了解与审计相关的内部控制，并非被审计单位所有的内部控制，故选项B正确、选项A不正确。如果与经营和合规目标相关的控制同注册会计师实施审计程序时评价或使用的数据相关，则这些控制也可能与审计相关，故选项C、D不正确。