甲公司在估计这批存货的公允价值时，应首先确定主要市场，由于A市场拥有最大交易量且交易活跃程度最高，判断A市场为甲公司销售该原材料的主要市场，该批设备的公允价值=50×100（A市场的交易价格5 000万元）-100（运输费用）=4900（万元），选项B正确；选项A错误，误以该批设备在A市场的交易价格作为公允价值；选项C错误，误将运输费用计入公允价值；选项D错误，误将B市场作为最有利市场确定公允价值。