甲公司因债务重组确认的收益应作为投资收益核算，因抵债资产中有其他债权投资，其他债权投资在持有期间确认的其他综合收益也需要转入投资收益，上述两项均影响营业利润。甲公司应确认的债务重组收益=（债务的账面价值-抵偿债务金融资产账面价值）投资收益+其他综合收益转投资收益=3000-（1000+1200）+200=1000（万元），选项D正确；选项A错误，未考虑债务重组收益对营业利润的影响；选项B错误，未考虑其他综合收益转入投资收益对营业利润的影响；选项C错误，误按债务账面价值与抵债资产公允价值的差额确认投资收益。故本题选项D正确。甲公司债务重组日应编制的会计分录为：

借：应付账款     3 000

      贷：银行存款    1 000

            其他债权投资  1 200

            投资收益   800

借：其他综合收益  200

      贷：投资收益     200